La Chiesa sorge sui resti dell’antico tempio di Atena o di Zeus Atabirios, analogo al Tempio della Concordia per mole e imponenza. Attraverso il pavimento in vetro – che offre un ponte sublime tra le anime della città – sono visibili le tracce del tempio, oltre alla cripta e al colatoio del XIX secolo, dove i membri della Confraternita di Santa Maria dei Greci venivano fatti essiccare, seduti sulle poltrone ricavate nella roccia viva prima della sepoltura.